Vrcholným orgánem AKČR je Rada Asociace krajů, která je tvořena hejtmany 13 krajů a pražskou primátorkou. AKČR je zájmové sdružení právnických osob, jehož hlavním cílem je hájit a prosazovat společné zájmy a práva krajů. AKČR je partnerem pro jednání krajů s vládou ČR při řešení společných otázek a problémů.